根据联邦宪法和联邦政府主权原则，国会负责移民立法，自主确定移民入境、居留和遣返事宜。总统负责移民执法，主要通过五个联邦执法部门实施。联邦法院负责移民司法，只审查有关移民决定的合宪性或合法性问题，不审查行政机关调查的事实结果。移民事务上，联邦法院尊重国会和总统的移民权力，国会和总统的移民权力很大程度上免受司法审查。
建国以后，除宪法授权联邦政府主管移民归化事务外，各州自己管理移民事务。1875年，联邦最高法院在亨德森诉纽约市长案中，宣布州对移民的限制是违反宪法的，是对联邦政府对外贸易权力的侵犯。到19世纪90年代中期，移民事务通过国会立法和联邦最高法院判决逐渐被定性为中央事权，由联邦政府负责。联邦政府负责移民事务管理的主要是五个部门和一个独立管制机构，它们分别是国土安全部、国务院、司法部、劳工部、卫生与公众服务部和社会保障管理局。
一、国土安全部
自1940年至2002年，司法部移民与归化局主管移民事务。2002年11月，司法部移民与归化局根据《国土安全法》被撤销，其大部分移民职能被转移至新成立的国土安全部。《国土安全法》将移民职能划分为移民服务、移民执法和移民裁决。公民与移民服务局承担移民服务职能。移民与海关执法局和海关与边境保护局承担移民执法职能，前者承担境内执法职能，后者承担边境执法职能。基于移民法官形式中立和独立裁决的考量，移民裁决职能仍保留在司法部，具体由其移民审查行政办公室负责。
（一）公民与移民服务局
公民与移民服务局是移民服务机构，主要负责审查处理移民签证、移民身份调整、入籍、难民与庇护和就业许可事宜。该局在海内外设有两百多个办事处，约有2.1万名职员及承包商，年度预算约为50亿美元。该局内设服务中心业务处，难民、庇护与国际业务处和行政上诉办公室具体负责处理移民、难民和上诉事宜。
1.服务中心业务处。
服务中心业务处，负责处理和裁决移民、非移民和庇护申请事宜，在保障移民体系完整和安全的前提下为寻求移民福利的人员提供服务。该处在全国设有6个服务中心，为不需要面谈业务的申请者提供移民福利。移民官员在确定移民福利申请是否完整、准确、可信以及是否符合法定和监管要求方面拥有广泛的自由裁量权。例如，公民与移民局官员对其认为没有资格获得家庭福利的人可以不发出出庭通知。
2. 难民、庇护与国际业务处。
难民、庇护与国际业务处，负责审查难民身份、人道主义假释和主动庇护事宜，实施难民保护筛选和裁决国内和国际难民的移民福利。难民、庇护与国际业务处还负责审查快捷遣返和恢复遣返程序的适用对象是否有资格获得庇护或相关遣返保护事宜。庇护官员认为庇护主张正当的，可予以批准；认为庇护申请人涉及遣返的，可将庇护申请移交移民法官裁决。
3. 行政上诉办公室。
行政上诉办公室，负责处理非公民因不服公民与移民服务局的决定而提起的上诉，也可以对特定的移民与海关执法局的决定行使上诉管辖权。非公民不服公民与移民服务局的决定的，可以上诉至行政上诉办公室，少数情况下可以上诉至移民上诉委员会。行政上诉办公室主要负责上诉、动议和认证三类案件的裁决，每类案件服务于不同的功能，也有不同的要求。行政上诉办公室的裁决通常为非先例裁决，仅适用于个案。经司法部部长审查批准，国土安全部部长可以指定行政上诉办公室的决定为先例裁决。先例裁决对后续同样案件具有约束力。国土安全部工作人员执行《移民与国籍法》时必须遵循先例裁决，被后续裁决、法律或法规修改或推翻的除外。行政上诉办公室的行政审查因透明度低、拒绝率高和审查时间冗长而备受批评。行政上诉办公室的运作受监察专员监督审查。
4. 公民与移民服务局监察专员办公室。
公民与移民服务局监察专员办公室内设于国土安全部部长办公室，是独立于公民与移民服务局的监督机构。其职责主要是解决个人和雇主与公民与移民服务局之间的纠纷，并为公民与移民服务管理中的系统性问题提供对策建议。公民与移民服务局监察专员应向国会提供年度报告，提供独立分析和系统性问题的解决建议，说明公民与移民服务局针对过去项目和服务的改善建议所做的努力。公民与移民服务局通常每年也会对年度报告的建议作出回应。
（二）移民与海关执法局
移民与海关执法局，是负责边境管控、海关、贸易和移民有关的境内执法机构，职责重在移民执法和打击跨国犯罪。截至2023财年末，该局有2万多名执法和辅助执法人员，在美国境内外设有400多个办事处，年度预算约为80亿美元。该局内设三个业务部门负责具体的移民执法和诉讼业务，它们分别是执法和遣返业务处、国土安全调查处和首席法律顾问办公室。
1. 执法与遣返业务处。
执法与遣返业务处，负责识别、逮捕、拘留和遣返非法非公民，管理着世界上最大的移民拘留系统。截至2023财年末，该处有7600多名执法和辅助执法人员，主要分布在全国25个地区办事处、178个执法站点和32个海外派驻点。
2. 国土安全调查处。
国土安全调查处，是国土安全部最大的调查机构，主要负责调查和打击移民偷运、人口贩运、移民欺诈、毒品和武器走私等犯罪行为，调查和打击违反美国海关和移民法律的恐怖主义组织、跨国犯罪组织和其他犯罪组织。截至2023财年末，该处有特工、刑事分析师和任务支持人员等8700多名职员，在美国及其属地的235个城市以及海外56个国家设有办事处。
3. 首席法律顾问办公室。
首席法律顾问办公室，是国土安全部在移民法庭和移民上诉委员会主持的移民遣返程序中的专属代表，负责对包括非公民罪犯、恐怖分子和侵犯人权者在内的所有遣返案件提起诉讼，负责对移民与海关执法局调查的联邦刑事案件向联邦法院提起诉讼，并为国土安全部和移民与海关执法局提供及时准确的法律建议。截至2023财年末，该办公室有1500多名律师和250多名辅助人员分布在移民与海关执法局总部及全美90个执法站点。
（三）海关与边境保护局
海关与边境保护局是负责反恐、打击跨国犯罪、保护边境安全、促进合法国际旅行和贸易的执法机构。该局将海关、移民、边境安全和农业保护职能整合为一个相互协调配合的综合性实体，有6万多名职员，是世界上最大的执法机构之一。在移民与边境安全方面，海关与边境保护局负责边境与出入境口岸管理。该局内设现场业务办公室、边境巡逻队和空中与海上业务处负责处理移民与边境安全事宜。
1. 现场业务办公室。
现场业务办公室，是海关与边境保护局最大的内设机构，负责边境安全，包括反恐、移民、反走私、贸易合规和农业保护。该办公室有3.2万多名职员，在境内设有20个地区办事处（下辖328个入境口岸），在境外40多个国家设有70个执法站点，年度业务预算为75亿美元。
2. 边境巡逻队。
边境巡逻队，负责移民执法，发现、拦截和逮捕从出入境口岸之间非法入境、贩卖人口和违禁物品的人，首要任务是防止恐怖分子及其武器从入境口岸之间进入美国。边境巡逻队具体负责对墨西哥和加拿大约6000英里长的国际陆地边境线、佛罗里达半岛和波多黎各岛周围2000多英里长的沿海水域进行巡逻。边境巡逻队下设20个地区办事处，约有2万名职员，年度业务预算为14亿美元。
3. 空中与海上业务处。
空中与海上业务处，负责发现、阻止和拦截接近美国边境的非法人员、毒品和其他违禁物品，调查犯罪网络，提供边境地区空中和海上全面态势感知，参加应对突发事件和国家安全行动。该处约有1800联邦特工及辅助人员，240架飞机和300艘船只在美国本土边境内外、波多黎各和美属维尔京群岛执行任务。2005年，空中与海上业务处启用MQ-9捕食者B无人机系统项目，大大加强了业务能力和态势感知能力。20年以来，该系统在空中、海上和陆地执法、边境地区态势感知、扩展边境与对外行动、应急和国家安全行动方面发挥了重要作用。
二、国务院
国务院是美国主管外交并兼管部分内政事务的行政部门，直属美国联邦政府管理的外事机构。在移民事务方面，国务院主要负责境外外国人签证受理与签发，海外难民援助与接纳，以及对外文化、教育和专业交流。
（一）领事事务局
领事事务局是美国驻外大使馆和领事馆的直接管理机构，负责保护美国边境安全和为合法赴美旅行提供便利。就职员人数而言，领事事务局是国务院最大的局，其经费几乎全部来自领事费收益。
领事事务局驻外领事官员根据国土安全部确立的标准进行签证受理和签发。国土安全部负责监督领事官员的签证签发并有否决权，但不得推翻领事官员拒绝签证的决定。国土安全部部长基于美国外交政策或者安全利益，可以指示领事官员拒绝签证。
领事官员在签证发放方面有广泛的自由裁量权，其决定受到的审查非常有限。领事官员做出的拒绝签证决定通常不受行政或者司法审查，极少数影响美国公民宪法权利受司法审查的除外。国务院对拒绝签证的行为进行高度随机的非正式审查，由主管领事官员或特别指定人员进行。主管领事官员不同意拒绝签证决定的，有权予以撤销或者将案件提交至国务院。国务院签证办公室可以要求提交报告并发布咨询意见。咨询意见只在技术上对签证的法律问题具有约束力，但通常会得到遵循。国务卿基于美国外交政策或者安全利益，可以指示领事官员拒绝签证。
（二）国家签证中心
国家签证中心，专门负责处理有关签证的中转工作，是连接公民与移民服务局和美国驻外使、领馆的纽带。公民与移民服务局批准移民签证申请后，将案件移交国家签证中心进行移民签证预处理。国家签证中心负责收取签证申请费用、表格和证明文件、进行背景调查和资料审核，并与美国驻外使、领馆协同安排移民签证面谈预约事宜。
外国人获得签证是进入美国的前提（享有免签待遇的除外），但这并不能保证其一定能够进入美国，这只是入境的第一步。第二步是非公民在美国入境口岸接受海关与边境保护局移民官员的检查，免于签证的也不例外。海关与边境保护局移民官员有权以不同意领事官员意见为由拒绝签证持有者入境。
（三）人口、难民与移民局
人口、难民与移民局是国务院人道主义机构，负责海外难民援助与接纳。在海外难民援助方面，通过人道主义外交与外国政府、国际组织和非政府组织进行合作，为世界各地受迫害者和被迫流离失所者提供保护和解决困难。在难民接纳方面，通过难民安置项目接纳难民进入美国，协同其他部门为总统确定年度难民接纳额度提供报告。
三、司法部
司法部是维护法治，维护美国政府法律利益，保障法律对美国所有公民都是平等的联邦行政部门。根据《国土安全法》规定，司法部承担移民服务与执法职能的机构划归国土安全部管理。基于移民法官形式中立和独立裁决的考量，承担移民裁决职能的移民审查行政办公室仍然保留在司法部。
移民审查行政办公室主要任务是通过公平、迅速和一致地解释和执行国家移民法来裁决移民案件。该办公室受司法部长直接管理，根据司法部长授权开展移民法庭诉讼、上诉审查和行政听证。
移民审查行政办公室内设三个机构负责听证：首席移民法官办公室、移民上诉委员会和首席行政听证官办公室。首席移民法官办公室负责对听审移民和庇护案件的移民法庭进行管理。移民上诉委员会负责审理不服移民法官裁决的上诉案件。首席行政听证官办公室负责对听审非公民雇主违法案件的行政法法官进行管理。
（一）首席移民法官办公室
首席移民法官办公室由首席移民法官领导，负责移民法庭业务政策制定并监督政策执行情况。首席移民法官办公室为全国68个移民法庭和3个裁决中心约600名移民法官提供总体计划指导并确定优先事项。
移民法庭属于行政而非司法体系。移民法官由司法部长任命，负责审理移民和难民庇护案件。移民法庭负责审理国土安全部指控非公民移民违法的案件，没有法警和法庭书记员。一般的案件，由一名移民法官独立审理。复杂或涉及新法律问题的案件，由移民法官三人小组合议审理。特别重要的案件，可采用全员庭审。移民法官做出的遣返决定是最终的决定，当事人向移民上诉委员会提出上诉的除外。
（二）移民上诉委员会
移民上诉委员会是解释和适用移民法的最高行政机构，位于弗吉尼亚州移民审查行政办公室总部，由28名上诉移民法官组成。
移民上诉委员会具有全国性管辖权，负责审理不服移民法官或国土安全部地区主管的决定而提出上诉的案件。其主要审理关于遣返决定或申请遣返救济的上诉案件，还审理外国人申请入境被拒绝的案件，为签发优先移民签证申请对外籍亲属地位进行分类的案件，因违反移民法而对承运人处以罚款的案件，以及有关重审和复议动议的案件。
移民上诉委员以书面审查为主，极少数情况下会开庭审理。移民上诉委员会的决定是最终的决定，对所有国土安全部官员和移民法官具有约束力，被司法部长或联邦法院修改或推翻的除外。移民上诉委员会的绝大多数决定受制于联邦法院司法审查。
（三）首席行政听证官办公室
首席行政听证官办公室由首席行政听证官领导，负责对主持听证的行政法法官进行全面监督和管理。行政法法官主要听审以下3类案件：
（1）违反《移民与国籍法》第274条A款规定（雇主制裁条款）故意雇佣、招募或以营利为目的介绍非法外国人，或继续雇佣非法外国人，不遵守就业资格审查要求和要求雇员提供赔偿保证金的行为；
（2）违反《移民与国籍法》第274条B款规定的与移民有关的不公平就业行为；
（3）违反《移民与国籍法》第274条C款规定的与移民有关的证件欺诈行为。指控由国土安全部、司法部民权局移民和雇员权利处（前身是与移民有关的不公平就业行为特别顾问办公室）或法律规定的个人或实体提出。
听证依法开展，应该符合《行政程序法》的一般要求。雇主制裁和证件欺诈案件受首席行政听证官和/或司法部长行政审查。所有机构的最终决定均需接受联邦上诉法院的审查。
四、劳工部
劳工部是美国主管劳工事务的联邦政府行政部门，主要负责就业、工资、福利、劳工条件和就业培训等工作。在移民事务方面，劳工部负责外籍劳工认证和对外籍劳工雇主守法情况进行监管，分别由就业与培训管理局和工资与工时局负责。
（一）就业与培训管理局
就业与培训管理局外籍劳工认证办公室负责管理与就业有关的移民和非移民类别中非公民的接纳。劳工部是保护美籍工人就业的看门人。大多数非公民要获得美国永久性就业机会，必须先获得劳工证明后才能向公民与移民服务局申请移民签证。经审查，确定没有能胜任又愿意从事同样职位的美籍工人，且雇佣非公民不会对同样受雇的美籍工人的工资和工作条件产生不利影响的，劳工部予以颁发劳工证明。短期工人在美国延期居留的，必须先获得劳工部许可后才能向公民与移民服务局申请非移民签证。劳工部于2005年制定了电子审查管理项目，旨在简化劳工认证流程。据此项目，雇主申请劳工认证的，必须先尽力招聘合格的美籍工人且记录下招聘过程。确未招聘到合格的美籍工人的，雇主可以向劳工部申请劳工认证。劳工部有权对雇主进行审计，确保其在员工招聘过程中遵守电子审查管理项目。雇主不服劳工部拒绝颁发劳工证明决定的，有权向劳工部外籍劳工认证上诉委员会申请复议，由三名行政法法官组成的小组予以审查，审查程序可能耗时数年。
（二）工资与工时局
工资与工时局负责监督和调查雇主遵守移民管控记录保存要求、最低工资和最高工时法律的情况，确保其遵守外籍劳工雇佣标准。雇佣持有H-1B、H-2A和H-2B短期就业签证的外籍劳工的雇主是重点监管对象。此外，工资与工时局还协助移民与海关执法局和公民与移民服务局防止雇主雇佣非法外籍劳工。
五、卫生与公众服务部
卫生与公众服务部是美国保障公民身体健康，提供医疗卫生服务的联邦政府行政部门。在移民事务方面，卫生与公众服务部负责出入境体检医生资格认证和难民安置援助。
卫生与公众服务部负责对海外和公民与移民服务局辖区内的医生进行资格认证，旨在对出入境人员和申请永久居留人员进行体检。在确定申请者身体或精神状况是否属于不准入境者之列，这些医生发挥着重要作用。
难民安置办公室基于1980年《难民法》授权联邦政府协助难民安置而设立，隶属于卫生和公众服务部儿童与家庭管理局，主要负责管理国内难民安置援助项目，为新难民提供就业培训、语言培训和财政援助，为无人陪伴的未成年人难民提供寄养服务，援助人口贩运受害者和安置难民于“首选社区”。
根据2008年修订的《贩运受害者保护再授权法》规定，所有无人陪伴的儿童应该作为潜在的人口贩运受害者进行筛查，免除某些庇护限制和免于快速遣返。难民安置办公室应该将无人陪伴的儿童迅速安置在“最符合儿童利益的限制最少的环境中”。
难民安置办公室是否为儿童提供保护取决于其来源国。来自非毗连国家的儿童，难民安置办公室会进行人口贩运受害者筛查，并置于普通遣返程序中。部分儿童被安置在其美国亲戚或朋友家里，部分儿童被安置在难民安置办公室资助的州政府许可的照料服务组织。来自毗邻国家的儿童由海关与边境保护局监禁，由移民检查员确定儿童能否做出独立决定，是否属于人口贩运受害者，是否畏惧受到来源国迫害。如果上述问题的答案是否定的，来自毗邻国家的儿童将不经听证而予以遣返，也无寻求其他救济的机会。
六、社会保障管理局
社会保障管理局是美国主管社会保障的独立管制机构，涵盖退休、残疾和遗属福利领域。在移民事务方面，社会保障管理局负责移民社会保障和协同运作电子验证项目。
在美国工作的移民和非公民必须拥有社会保障号码并缴纳社会保障金。雇主每年必须使用W-2表格向社会保障管理局报告其雇员工资。社会保障管理局发现雇员W-2表格上的社会安全号码与其记录不一致时，会向雇员和雇主发出“不匹配”通知。相关人员通常会联系所在地社会保障办公室解决社会保障号码不匹配的问题。
社会保障管理局协同公民与移民服务局运作电子验证项目，促进美国移民法的实施。电子验证项目是基于1996年《非法移民改革与移民责任法》授权而建立的网络系统，用于雇主确认其外籍员工是否有资格在美国工作。雇主通过将雇员I-9表格（就业资格审查表）上的信息与社会保障管理局和国土安全部的记录进行电子匹配，可以在几秒钟内确认新雇佣员工的身份和就业资格。